寒冷地区病菌以冬孢子在病残体上越冬。翌年条件适宜时，冬孢子萌发产生担孢子侵入幼叶，形成性子器，后在病斑背面产生锈子器，器内锈孢子飞散传播，萌发后也从叶片侵入，形成夏孢子堆和夏孢子，夏孢子借气流传播，进行多次再侵染，接近收获时，在产生夏孢子堆的地方，形成冬孢子堆，又以冬孢子越冬。南方温暖地区病菌在多年生向日葵或菊芋上以菌丝越冬，越冬后繁殖进行再侵染。该病发生与上年累积菌源数量、当年降雨量关系密切，尤其是幼苗和锈孢子出现后，降雨对其流行起有重要作用。进入夏孢子阶段后，雨季来的早，可进行多次重复侵染常引致该病流行。病原菌以冬孢子堆和冬孢子在病残体上或野生向日葵上越冬。翌年春季条件适宜时，冬孢子萌发产生担孢子。冬孢子萌发适温为12℃～15℃。担孢子萌发后侵入幼苗子叶或幼叶，形成性孢子器，8～10天后在叶片背面产生锈孢子器，器内锈孢子随气流飞散传播，着落在向日葵叶片上并侵入，随后叶片上出现夏孢子堆，散放出夏孢子。夏孢子可随气流远程传播，异地菌源在锈病流行中也可能起重要作用。