芝麻茎点枯病主要发生于芝麻开花结蒴期，自根部或茎部开始发病，向茎上部发展。根部感病后变为褐色；茎部感病后迅速形成绕茎的黄褐斑，边缘无明显界线，中部灰白色表面油光，其上密生许多黑色小粒。发病严重时植株叶片自下而上卷缩萎蔫，顶梢弯曲下垂，叶片和蒴果变成黑褐色，株形矮小。
芝麻茎点枯病又名黑杆病、茎腐病或黑根病，主要发生在苗期和生长后期。苗期症状：根部变褐腐烂，地上茎叶萎焉枯死，在茎秆上可见众多小黑点。开花结蒢期症状：大多先从根部发病，由下向上扩展蔓延，根部感病后在主根、侧根上有大量黑褐色菌核，致使根部逐渐枯死。
芝麻播种后染病，引起烂种死苗。出苗后染病，幼苗根部变褐，地上部萎蔫枯死，幼茎上密生黑色小点。开花结果期发病，多从根部或茎基部开始，后向茎扩展，有时从叶柄基部侵入后蔓延至茎部。根部感病后，主根和支根逐渐变褐枯萎，皮层内布满黑色小菌核。茎部病斑初呈黄褐色水渍状，与健全组织无明显界线，继而发展为绕茎大斑，并向上蔓延，病斑呈黑褐色、中部银灰色、有光泽，密生针尖大的小黑点。
病株叶片自下而上呈卷缩萎蔫状，黑褐色，不脱落，植株顶端弯曲下垂。病株较健株矮小，严重发病时全株干枯，髓部被蚀中空，仅剩纤维，易折断。蒴果感病后呈黑褐色枯死状，病种上生出许多小黑点。芝麻茎点枯病病菌主要是以种子、土壤中病残体上的菌核越冬进行传播。
