1.农业防治：加强田间管理，采取浅水灌溉，避免深水飘苗、淹苗，可减少潜叶蝇落卵量。发生严重地块可排水晒田。清除稻田周边杂草，减少越冬虫源。
2.化学防治：实行带药移栽，可在插秧前2-3天喷施灭蝇胺、阿维·吡虫啉等药剂提前预防，对潜叶蝇有很好的防效。幼虫初发期，40%乐果100毫升/亩或70%艾美乐6-8克/亩+2.5%敌杀死20-30毫升/亩或25%阿克泰6-8克/亩，兑水5升弥雾机喷雾。在潜叶蝇幼虫2龄前进行防治效果最佳，可以75%灭蝇胺可湿性粉剂3000-5000倍液喷雾，或用5%抑太保2000倍液等进行防治。
3.监测与防治策略：加强测报、密切注视水稻潜叶蝇的发生消长动态，在掌握虫情的基础上，及时打药防治。达到防治指标的地块要采取“挑洽为主，普治为辅，巧治低龄”的防治策略。防治指标为：百株虫量20头。对大面积连片发生、虫口密度大的地块，要及时组织机防队统一防治，突击防治，严防其暴发成灾。
