小麦三种黑穗病均为真菌性病害,病原物分别为腥黑粉菌、散黑粉菌、条黑粉菌。小麦腥黑穗和秆黑粉病菌以厚垣孢子在种子表面及土壤、粪肥中越冬越夏;小麦散黑穗病以菌丝潜伏于小麦种胚中越冬、越夏。三种黑穗病菌侵染方式不同,小麦腥黑穗病和秆黑粉病菌从土中种子萌发后的幼芽芽鞘处侵入并进入生长点,随植株生长在寄主体内系统扩展,后期在穗部(腥黑穗病)和茎、叶、叶鞘等处(秆黑粉病)表现症状。小麦散黑穗病属于花器侵染,扬花时病穗中破散出的厚垣孢子借风雨、气流传到花器上并侵入,菌丝体潜伏在成熟小麦子粒胚中休眠。带菌种子外观与无病种子基本无区别。播种后病菌随种子萌发而萌动,在植株中系统扩展,穗期表现症状。三种黑穗病1年只侵染1次。种子和土壤、粪肥带菌量多则发病重。对于从土中幼苗侵入的腥黑穗病和秆黑粉病,土温偏低(15摄氏度左右)、湿度适宜时不利于出苗而利于病菌侵入,发病重。小麦散黑穗病属花器侵染,大气湿度高、露水大有利于孢子萌发侵入,发病重。