蘑菇菌床易感染链孢霉、青霉、黄曲霉、木霉、轮枝霉、疣孢霉、鬼伞等;菌丝或鲜子实体易受线虫、蛞蝓侵害,干菇储藏期则易受谷蛾、谷盗侵害。在蘑菇菌丝培养过程中,常见的浸染性病害包括木霉、根霉、毛霉、曲霉、链孢霉、青霉、腐烂性细菌、酵母菌、白色石膏霉、褐色石膏霉、鬼伞、胡桃肉状菌、斑褶菌、枯萎病、褐腐病、软腐病、黄霉菌、鱼子菌、棉絮状杂菌、病毒病、橄榄绿霉菌、链格孢霉、黏菌等。常见的非浸染性病害有菌丝徒长、不萌发、萎缩等现象。蘑菇出菇时期,除上述病菌外,还可能出现菇脚粗糙病、细菌性褐斑病、霜霉病、田野黄色单孢杆菌病、菌褶滴水病、干腐病、蘑菇星孢寄生菇病等。非侵染性病害包括死菇及地雷菇等非正常菇。