宝塔菜花的常见病害主要是霜霉病和黑腐病，常见虫害则主要有蚜虫、菜青虫和甜菜夜蛾。霜霉病在加强放风降湿的基础上，使用药剂防病，用百菌清粉尘或烟剂，轮换使用。使用粉尘时每667米2用1000克，使用烟剂时每667米2200～250克。黑腐病发病初期及时拔除病株。成株发病初期喷洒14%络氨铜水剂350倍液，或72%农用硫酸链霉素可溶性粉剂3500～4000倍液，隔7～10天1次，连续防治2～3次。蚜虫可用杀蚜虫烟剂每667米2200～250克进行防治，也可使用10%吡虫啉(一遍净)或苦参碱等喷雾防治。菜青虫、甜菜夜蛾可采用人工捕捉或施用Bt乳剂、锐劲特、氯氰菊酯等杀虫剂进行防治。