高粱丝黑穗病的发生与天气、土壤温湿度及轮作等因素密切相关。病原菌在土温28℃、土壤含水量15%时发病率高。春播时,土壤温度偏低或覆土过厚,导致幼苗出土缓慢,易发病。连作地发病严重,而轮作时间越长,发病越轻。不同品种的抗病程度存在差异,无病区或无病田选留的优良品种发病较轻,自留种或发病区选留的种子发病较重。病菌以冬孢子在土壤和粪肥中越冬,也可混在种子中间或附在种子表面,但主要初侵染来源为土壤中的冬孢子。冬孢子抵抗不良环境能力强,在干土中能存活3年。该病为幼苗侵染系统性病害,病菌冬孢子萌发后以双核侵入丝侵入幼芽,种子萌发至芽长1.5cm为最适宜的侵染时期。侵入的菌丝初在生长锥下部组织中,40天后进入内部,60天后进入分化的花芽中。病害发生与连作和土壤温湿度密切相关。