农业防治菌核病不侵染禾本科作物，应与禾本科作物进行轮作，重病田须轮作5～10年。将病残体深埋入土中，减少菌源。物理防治可人工捡除种子中的菌核，或用温水清除。把种子浸入40～45℃水中，每100kg种子用200kg水，搅拌10～15分钟，菌核吸水下沉，种子浮在上面，捞出晾干留做种用。温水清除菌核时，容器底部最好呈圆锥形，使膨大后的菌核不易漂浮。种子处理方面，种子内外均可带菌，以种皮带菌最多，药剂拌种可取得较好的防治效果。用种子重量0.3%～0.5%的菌核净、萎锈灵、苯菌灵等农药拌种对苗期立枯型和根腐型菌核病有效，用福美双拌种可使幼苗田间发病率降低85%以上。药剂防治方面，油葵对菌核病的抗病力弱，感病时间长，且缺乏准确的测报方法，增加了防治难度，至今仍未筛选出特别经济有效的化学药剂。油葵为高秆作物，田间郁蔽度大，后期防治比较困难。据研究，防治菌核病较好的药剂是菌核净、乙烯菌核利和速克灵的500倍液，其次是甲基托布津、多菌灵或甲基托布津加多菌灵1∶1混合剂的500倍液，在开花末期开始喷药，10天后再喷1次，对防治盘腐型菌核病有较好效果。