采收后应尽快进行预冷处理，放在温度为10-15℃的地方，然后再放入7-9℃的条件下贮藏。冷藏温度不要低于6℃，否则会受冷害。采收苦瓜应以清晨无露水或晴天上午为宜，切忌在强烈阳光时采收，采收后必须运到阴凉处摊开，以免被暴晒水分流失。苦瓜采收后，应按大小品质分级，剔除有病虫、畸形、有伤裂的苦瓜。
预冷是苦瓜储藏的必要环节，主要目的是降低苦瓜的呼吸强度，以利于长期储藏和运输，同时维持苦瓜的新鲜度，阻止果实衰老、延长储藏期。待苦瓜的预冷温度降到5-6℃时，可以放入-30℃的速冻冷库进行速冻处理。处理后的苦瓜可以长期存放在-18℃的冷库中，最长可以保存7~8个月，同时速冻冷库还能保持苦瓜的营养物质不流失。
苦瓜易失水变软，要求相对湿度保持在85-95%，可用塑料薄膜包装以防止失水。苦瓜对乙烯相当敏感，在贮藏和运输时要避免与容易产生乙烯的果蔬混放。
