适量施用氮肥，特别是穗肥不可过量，实施浅水勤灌，适期搁田，降低田间湿度。药剂浸种，用50%多菌灵1000倍液浸1-2天，或强氯精400-500倍液浸12小时，清水漂洗后继续浸种催芽。孕穗末期喷药保护，结合对穗颈瘟的防治，在田间稻穗破肚率达5%时，每亩用40%硫环唑30-40克和井冈霉素50克兑水40-50公斤喷雾。防治2-3次即可。
选用抗病品种：水稻不同品种对稻曲病的抗性不同，根据各地的情况选择种植抗性强的品种。种子处理：稻曲病可通过种子传播，应尽量不用已染病的稻种。浸种时用500倍强氯精液浸种10-12小时，或播种前每100kg种子用15%粉锈宁可湿性粉剂300-400克拌种。
加强田间水肥管理，促生长健壮。水稻生长期间应合理施肥，增施磷、钾肥，促生长稳健，增强抗性；尤其要慎重施用氮肥，避免氮肥施用过量、过迟，以免贪责晚熟，招致病害。推广薄露灌溉技术，孕穗后期注意田间水管，勿大水漫灌、长期淹水，宜浅水勤灌，以免田间湿度过大，有利于病菌孢子的萌发与入侵。发生稻曲病之后，需要及时的进行防治，可以使用咪鲜胺核吡唑醚菌酯，这种药物对于这种病害有很好的治疗效果。想要更好的起到治疗效果，在水稻破口之前的5-7天左右使用药物，效果会更佳，如果说用药时间太早，或者是用药太晚的话，防治效果就会发生明显的下降。
田间管理要加强，在播种时就要注意，不要过密，其次注意做好晒田工作，避免田间长时间内保持深水，导致水稻长势弱，另外，假如上年已发生稻曲病的地块，在收获后，及时清除病残体，比如杂草、残留的稻株等。播前拌种能起到一定的预防效果，比如水稻直播时，可用苯醚甲环唑拌种后再播种，如果是移栽田，可进行浸种工作，可用多菌灵、石灰水等。
