黄瓜黑星病在黄瓜整个生育期均可侵染发病，危害部位包括叶片、茎、卷须、瓜条及生长点等，以植株幼嫩部分如嫩叶、嫩茎和幼果受害最重，而老叶和老瓜对病菌不敏感。幼苗染病时，子叶上产生黄白色圆形斑点，严重时子叶腐烂，整株幼苗腐烂。真叶较子叶敏感，染病后产生黄白色近圆形斑，发展后引致全叶干枯。嫩茎染病，初现水渍状暗绿色梭形斑，后变暗色，凹陷龟裂，湿度大时长出灰黑色霉层，即病菌分生孢子梗和分生孢子。卷须染病则变褐腐烂。生长点染病，经两三天烂掉形成秃桩。叶片染病，初为污绿色近圆形斑点，穿孔后，孔的边缘不整齐略皱，且具黄晕。
成株期发病，叶片上病斑近圆形，直径1~2mm，淡黄褐色。嫩叶染病时，起初在叶面呈近圆形褪绿小斑点，近而扩大为淡黄色病斑，边缘呈星文状，后期形成边缘有黄晕的星星状孔洞。嫩茎染病，初为水浸状暗绿色菱形斑，后变暗色，凹陷龟裂，湿度大时病班长出灰黑色霉层。生长点染病时，心叶枯萎，形成秃桩。卷须染病则变褐腐烂。瓜条染病，初为圆形或椭圆形褪绿小斑，病斑处溢出透明的黄褐色胶状物，以后病斑逐渐扩大为暗褐色凹陷斑，病部密生黑色霉层，引起瓜条弯曲、畸形。
