辣椒脐腐病是一种非侵染性的生理病害，发生在落花部位的周围。一般病因是缺钙或是水分供应失调。防治方法包括科学施肥、均衡供水、叶面补钙、改良土壤、加强栽培管理、选用耐病品种。
辣椒脐腐病的根本原因是缺钙。土壤盐基含量低、酸化，尤其是沙性较大的土壤供钙不足。在盐渍化土壤上，土壤可溶性盐类浓度高，根系对钙的吸收受阻，也会导致缺钙。施用铵态氮肥或钾肥过多时也会阻碍植株对钙的吸收。在土壤干旱、空气干燥、连续高温时易出现大量的脐腐果。
另一种观点认为发病的主要原因是水分供应失调。干旱条件下供水不足，或忽旱忽湿，导致果实大量失水，果肉坏死，从而引发病害。辣椒脐腐病在高温干旱条件下或盐渍化土壤中易发生，水分供应失常是诱发此病的主要原因。
