真菌性病害建议使用恶霉灵、咯菌腈或络氨铜等铜制剂灌根，同时叶面喷雾咯菌腈或春雷霉素加叶面肥。此病害以灌根防治为主，叶面喷雾为辅，发病后作物传导水肥能力差，叶片打药混合叶面肥补充能量。预防为主，定植当天用络氨铜等铜制剂灌根最佳。发病前可使用50%苯菌灵1000～1200倍液、50%多菌灵400～900倍液或50%代森锰锌1000倍液喷雾或浇根。甲基硫菌灵、络氨铜水剂、丙森锌、三乙磷酸铝等效果也很好。基肥施入发酵好的优质有机肥或生物肥如稀土生物肥、氨基酸生物肥，测土配方施肥可有效预防。
小麦根腐病在发病初期，可选用恶霉·甲霜灵、丙环唑、苯甲丙环唑加生根剂和叶面肥喷淋防治，间隔5-7天再喷一次。防治措施包括选择抗病品种、施用酵素菌堆肥或腐熟有机肥、麦收后耕翻灭茬、与马铃薯或油菜轮作，并适时播种。发病初期可使用50%苯菌灵1000～1200倍液、50%多菌灵400～900倍液或50%代森锰锌1000倍液喷雾或浇根。甲基硫菌灵、络氨铜水剂、丙森锌、三乙磷酸铝等也有效。
