农业防治。南瓜种植田块应选择地势较高、排灌方便的田块为佳，避免在低洼地种植，并在种植前及时进行深翻晒土、彻底清除前茬作物病残体、杂草等，以有效减少土壤病菌残留、降低斑点病侵染源。选择健壮饱满、无病虫害为害的种子栽培，下种前用消毒剂加新高脂膜脱毒处理后再行播种，可消毒杀菌、保温、保湿、吸胀，提高种子发芽率，保护幼苗健壮生长。合理密植，保持田间良好的通风透光条件，以减少斑点病发生的有利环境；并注意做好田间检疫力度，发现受害植株及时拔除，并喷洒针对性药剂防治，间隔10-15天喷1次、连喷2-3次，以巩固防治效果、减少斑点病为害。喷药时注意喷匀喷足，并与新高脂膜混合使用以降低农药残留、多倍提高防治效果。
药剂防治。发病初期喷70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液加75%百菌清可湿性粉剂800倍液，或40%多？硫悬浮剂600倍液，或50%敌菌灵可湿性粉剂400～500倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液，隔10～15天喷1次，注意喷匀喷足，连续2～3次。
合理轮作。防止在低洼地栽培，栽培前应及时铲除前茬作物病残体，深翻晒土，合作喷施消毒药剂加新高脂膜800倍液对土壤进行消毒处理；并选用抗病品种，播种前用新高脂膜拌种驱避地下病虫，阻隔病毒感染，进步种子发芽率。
加强管理。适时中耕除草，浇水追肥，同时注意改善株间通透性，并在生长期适时喷施促花王3号抑制主梢旺长，促进花芽分化；在开花前、幼果期、果实膨大期喷施壮瓜蒂灵能够增粗瓜蒂，加大营养输送量，促进瓜体快速发育，瓜型漂亮，汁多味美。
