番茄软腐病是由细菌感染引起的病害，可用中生菌素、乙蒜素、多抗霉素、农用链霉素、辛菌胺乙酸盐、氯溴异氰脲酸、春雷王铜、噻菌铜、噻森铜、喹啉铜、氢氧化铜、氧化亚铜、氧氯化铜、甲霜铜、络氨铜、松脂酸铜等药剂进行防治。
1.加强田间管理，整枝抹芽宜早。结果期间防治蛀果害虫。
2.合理轮作：与非茄科作物进行三年以上轮作，降低土壤中菌源基数。
3.选用抗病品种，严把育苗关。市场上推广的高抗叶霉病品种有佳粉15、佳粉16、佳粉17、中杂7号、沈粉3号、佳红15等，可根据实际情况选用。
4.种子消毒：引进种子需进行温水浸种处理，利用种子与病菌耐热力差异，选择既能杀菌又不损伤种子的温度。温室栽培的番茄种子可用55℃温水浸种30分钟，取出后冷却，再用高锰酸钾浸种30分钟，清水漂洗后晒干催芽播种。
5.高畦栽培，地膜覆盖，控制灌水，小水缓灌，雨后及时排水。
6.整枝、打杈，避免叶面露水未干时进行农事作业。
7.彻底防治棉蛉虫、烟草虫等蛀果类害虫，防止日灼果发生。农事操作要精细，减少机械伤口。
8.发现病果及时摘除深埋，收获后彻底清除病残体并深翻土壤。
9.发病初期药剂防治可用72%农用硫酸链霉素4000倍液、新植霉素4000倍液、40%细菌灵8000倍液、25%络氨铜500倍液、30%绿得保400倍液、56%靠山800倍液等。
10. 农用硫酸链霉素可溶性粉剂1500-2000倍液均匀喷雾，防效约60%。
11. 枯草芽孢杆菌+井冈霉素800-1000倍液均匀喷雾，防效约70%。
12. 多粘杆芽孢杆菌+巨力星481兑水1000-1200倍液均匀喷雾，防效达90%以上，喷药次数视病情而定。
