百合病毒病主要有四种症状表现：1.百合花叶病：叶片呈现斑驳相间的深浅两色，严重时叶片分叉扭曲，花变形或蕾不开放。2.百合坏死斑病：表现为潜伏侵染、褪绿斑驳状或坏死斑，部分品种花扭曲或畸变呈舌状。3.百合环斑病：叶面产生坏死斑，植株无主秆，无花或发育不良。4.百合丛簇病：染病植株叶片着生密度大，向下卷曲，顶端叶片呈丛簇状，幼叶反卷、扭曲，全株矮化，花小或不开花。
百合无症病毒归属为香石竹潜隐病毒属，叶片上无明显病斑，整株带黄色，节间缩短，植株矮化，叶片黄化、萎缩。该病毒通过汁液、桃蚜和百合西圆蚜传播，常与黄瓜叶病毒复合侵染。云南省各百合栽培基地普遍发生，发病率40-50%。
常见病毒包括百合无症病毒、百合花叶病毒、百合斑驳病毒、黄瓜花叶病毒、烟草环斑病毒。有时百合花叶病毒与黄瓜花叶病毒产生复合感染，或在某些品种上发生郁金香碎色病毒与黄瓜花叶病毒的复合感染。