由于细菌、虫子处于玉米心叶内，并且心叶卷曲没展开，一般采取喷雾方式药剂难以接触病部，效果不佳，所以一定要用灌药方式进行防治，轻者防治1次，重者2次。植株较矮的可用饮料瓶灌药，在瓶盖上扎眼，然后一棵棵的灌药。玉米植株很高的，可用喷雾器去掉喷头的方式灌药。剪叶促穗，对玉米心叶已扭曲腐烂的较重病株用手扒开或者用剪刀去头。
细菌性的可以用链霉素或者叶枯唑喷施。真菌性的可以用多菌灵或者甲基硫菌灵喷施，间隔7天连续喷施一次。常见的虫害有玉米蓟马、玉米螟、瑞典蝇等，常用的有效药剂是：2.5%菜喜、30%啶虫脒、10%吡虫啉，但是对这三种虫子都有效的药剂是“菜喜”（有效成分是2.5%的多杀霉素）。由于虫害造成伤口后，极便于细菌侵入，出现了心叶畸形、断裂、外缘以及尖端腐烂病，伴有浓重的臭味，这是典型的细菌性病害。在治虫的同时加入“农用链霉素”，早晚喷药，重点喷施心叶处，5~7天一次，连续2次即可。
药害引起烂心。有些药使用不当也容易引起烂心。所以用药后，在检查效果的同时，及早发现药害，正确解救，可以把危害降到最低。采用地膜覆盖栽培。地膜覆盖栽培是一项抗御低温冷害、春旱和实施早播实现高产稳产的的有效措施对玉米生育前期可有效降低玉米烂心病的发病率。
播种前用75%的百菌清可湿性粉剂或50%多菌灵可湿性粉剂，以种子重量的0.4%拌种，以减轻幼苗发病。发病初期可喷施3%啶虫脒（莫比朗）等药剂防除虫害；并选用50%多菌灵或58%甲霜灵锰锌灌根，杀抑病菌缓解病情。具体方法是将药剂稀释成500倍液沿茎灌入，每株灌50-100毫升。
