口蹄疫最好的消毒剂为酸碱消毒液，可将稀释到0.3%-0.5%的过氧乙酸溶液按每立方米8毫升计算进行喷雾消毒，不仅能有效杀灭口蹄病毒还能降低猪舍氨气味；若配合新型喷雾器械形成消毒剂气溶胶，可大大降低口蹄疫病毒通过呼吸道感染。本病毒对酸非常敏感，在PH值5.0时，1秒钟即可以灭活90%的活力，在PH值5.5则需要1分钟就可以杀灭90%以上的活力，所以可以用醋精蒸汽消毒。对碱也十分敏感，畜舍可用2%的碳酸氢钠、2%的氢氧化钾、4%的碳酸钠、1%-2%的甲醛液、30%的草木灰、0.2%-5%的过氧乙酸溶液、5%的次氯酸钠、5%的氨水、0.1%的灭菌净溶液等均是良好的消毒剂。口蹄疫病毒不怕干燥，在自然的条件下，含病毒的组织或污染的饲料可存活数周至数月之久；粪便中的病毒在温暖的季节可以存活1个月左右。