芝麻疫病主要为害叶、茎和蒴果。叶片染病初现褐色水渍状不规则斑，湿度大时病斑扩展迅速呈黑褐色湿腐状，病斑边缘可见白色霉状物，病健组织分界不明显。干燥时病斑为黄褐色。在病情扩展过程中遇有干湿交替明显的气候条件时，病斑出现大的轮纹圈；干燥条件下，病斑收缩或成畸形，薄而易碎。
茎部染病初为墨绿色水渍状，后逐渐变为深褐色不规则形斑，环绕全茎后病部缢缩，边缘不明显，湿度大时迅速向上下扩展，严重的致全株枯死。生长点染病嫩茎收缩变褐枯死，湿度大时易腐烂。茎顶端和蒴果受害，病斑墨绿色，水渍状，缢缩凹陷，潮湿条件下，病部长出绵状菌丝。
蒴果染病产生水渍状墨绿色病斑，后变褐凹陷。茎杆受害症状：病斑初呈暗绿色水浸状，以后逐渐变为深褐色，病部逐渐凹陷缢缩，皮层松软、纵裂，边缘不明显。空气潮湿时，病斑可迅速向四周扩展，绕茎一周后引起病部以上组织枯死。
