杂交品系不同：二元猪是简单杂交猪，是用两个品种或品系进行杂交出来的杂交品种；三元猪指的是三个品种的杂交猪。
优点不同：二元猪具有长势快、育肥效果好等优点；三元猪结合了二元猪的优点，并且生长速度快、瘦肉率高。