向日葵菌核病的发病主要原因是病菌在土壤、病残体及种子中潜伏，待气温回升至5℃以上时，菌核萌发产生子囊盘，子囊孢子成熟后借气流传播，侵入向日葵。种子上的病菌可直接为害幼苗，菌核上长出的菌丝也可侵染茎基部引起腐烂。病菌生长温限为0～37℃，最适温度25℃；菌核形成温限为5～30℃，最适15℃；子囊盘形成温限为5～20℃，最适10℃。菌核埋入土中7厘米以上难以萌发，子囊孢子萌发温限为0～35℃，5～10℃萌发最快。该菌能侵染41科200余种植物。
向日葵菌核病的发生与降雨量、温度及光照密切相关。菌核是否萌发形成子囊盘主要取决于7月下旬和8月上旬的降雨量，湿度是决定菌核萌发的主要因素。土壤中残留的菌核在1-3毫米土层中易萌发，连续降雨时，5毫米以上的菌核也易萌发并出土。
病害发生条件包括品种不抗病、种子带菌、重茬连作、田间地(top)管理不到位、土壤湿度过大、低温潮湿环境及连续阴雨天气等。春季低温多雨时茎腐严重，花期多雨时盘腐严重，连作田中以菌核量大，病害加重。病菌通过适宜的温度、湿度及光照条件开始寄主萌芽，通过伤口浸染发病。