该病是气传病害，必须采取以种植抗病品种为主，药剂防治和栽培措施为辅的综合防治策略，才能有效地控制其为害。
(1)选用抗病品种，做到抗源布局合理及品种定期轮换。在应用抗病品种时，注意抗锈品种合理布局，利用抗病群体抗性多样化或异质性来控制锈菌群体组成的变化和优势小种形成。避免品种单一化，但也不能过多，并注意定期轮换，防止抗性丧失。
(2)农业防治①适期播种，适当晚插，不要过早，可减轻秋苗期条锈病发生。②消除自生麦。③提倡施用酵素菌沤制的堆肥或腐熟有机肥，增施磷钾肥，搞好氮磷钾合理搭配，增强小麦抗病力。速效氮不宜过多、过迟，防止小麦贪青晚熟，加重受害。④合理灌溉，土壤湿度大或雨后注意开沟排水，后期发病重的需适当灌水，减少产量损失。
(3)药剂防治：使用粉锈宁、戊唑醇、吡唑醚菌酯等药剂喷雾。“发现一点，控制一片，发现一片，防治全田”，可选用烯唑醇、醚菌酯、丙环唑等药剂。发生初期就要开始防治，压低菌源基数，严重时要开展二次防治。当小麦条锈病的病叶率为1-2%时，可用丙环唑乳油或粉锈宁可湿性粉剂或粉锈宁乳油喷洒。如果病情严重，可在10天后进行第2次喷药，做到“发现一片、控制全田”。
