防治稻曲病主要靠药剂防治，药剂防治中主要注意两点：一是选好防治时间，一般在水稻破口期施用第一次药，齐穗期施用第二次药；二是选好防治药剂，目前选用爱苗或己唑醇进行叶面喷雾防治效果较好。此外，选用抗病品种、避免带病秧田、大田水肥管理（浅水灌溉，施足基肥慎用穂肥）也是重要措施。茎杆最后一片叶子完全抽出时是最佳用药防治时间。
防治水稻稻曲病关键时期应该在水稻孕穗后期（破口期3—5天），防治药剂可选用苯甲·丙环唑，或者井冈·烯唑醇等喷雾，能有效防治稻曲病的发生。优质水稻最易得稻曲病，所以要选好抗病品种，药剂防治亩用爱苗每次30克，分别在水稻破口期和齐穗期各防治一次即可。
首先选用抗病品种，如南方稻区的广二104、选271、汕优36、扬稻3号、滇粳40号等；北方稻区有京稻选1号、沈农514、丰锦、辽粳10号等发病轻。其次避免病田留种，深耕翻埋菌核，发病时摘除并销毁病粒。再次用药及时防治，在水稻抽穗前用18%多菌酮粉剂150-200g或于水稻孕穗末期每亩用5%井冈山霉素水剂100g兑水50L喷雾。此外，氟硅唑咪鲜胺加嘧啶核苷类抗菌素农用抗菌素120防治，或用2%福尔马林或0.5%硫酸铜浸种3-5小时也是有效方法。
