主要发生在抽穗期，病、健株抽出时间趋于一致。染病种子的胚和颖片被毁坏，其内充满黑褐色粉末状厚垣孢子，其外具坚实不易破损的污黑色膜。厚垣孢子粘结较结实不易分散，收获时仍呈坚硬块状，故称坚黑穗病。有些品种颖片不受害，厚垣孢子团隐蔽在颖内难于看见。