成株期染病主要侵染大豆茎部，田间植株上部叶片变褐枯死。叶片染病始于植株下部，病斑初期呈暗绿色水浸状斑后扩展为圆形或不规则形，中心灰褐色，四周暗绿色，湿度大时生白色菌丝，叶片腐烂脱落。茎秆染病多从主茎中下部分杈处开始，病部水浸状，后褪为浅褐色至近白色，病斑形状不规则，常环绕茎部向上、向下扩展，致病部以上枯死或倒折。潮湿时病部生絮状白色菌丝，菌丝后期集结成黑色粒状、鼠粪状菌核，病茎髓部变空，菌核充塞其中。后期干燥时茎部皮层纵向撕裂，维管束外露似乱麻，严重的全株枯死，颗粒不收。豆荚染病呈现水浸状不规则病斑，荚内外均可形成较茎内菌核稍小的菌核，可使荚内种子腐烂、干皱、无光泽，严重时导致荚内不能结粒。大豆菌核病可危害植株地上部，在苗期、成株期均可发病，但以成株花期发生受害最为严重。
苗期症状：苗期染病茎基部褐变，呈水渍状，湿度大时长出棉絮状白色菌丝，后病部干缩呈黄褐色枯死，幼苗倒伏、死亡。
大豆菌核病发病基本有如下症状：幼苗期发病先在幼苗茎基部发病并向上扩展蔓延，病部呈深绿色湿腐状，有白色菌丝体，病势加剧幼苗倒伏、死亡。成株期一般在茎部或茎基部产生暗褐色不定形或条状病斑，扩大后可绕茎一周成一段段病斑，后呈苍白色以至枯死。潮湿条件下病部产生白色絮状菌丝体，其中杂有大小不等鼠粪状菌核。遇阴雨天气田间湿度大则发病加重，天气干旱则病情减轻。
大豆菌核病症状：苗期感染，植株茎部会出现水渍或棉絮状菌丝；花期感染，会植株枯萎，茎叶腐烂；后期感染全株会干枯萎缩而死。
