玉米黑穗病传播途径包括种子带菌远距离传播、病残体带菌越冬成为侵染源以及连作土壤残留病菌加重病害。病菌以散落在土中、混入粪肥或黏附于种子表面的冬孢子越冬，以土壤传播为主。在玉米3叶期以前，土壤温度21～28℃，湿度在中度偏旱时最有利于病菌侵入。4～5叶期以后再无侵染。当种子发芽时，病菌也萌发，侵染幼苗，随植株的生长，最后破坏穗部，成为黑粉。连作地、耕作粗放、覆土过厚、土壤干燥都有利于侵染发病。
散黑穗病是花器侵染病害，一年只侵染1次。带菌种子是病害传播的唯一途径。病菌以菌丝潜伏在种子胚内，外表不显症。当带菌种子萌发时，潜伏的菌丝也开始萌发，随小麦生长发育经生长点向上发展，侵入穗原基。孕穗时，菌丝体迅速发展，使麦穗变为黑粉。厚垣孢子随风落在扬花期的健穗上，落在湿润的柱头上萌发产生先菌丝，先菌丝产生4个细胞分别生出丝状结合管，异性结合后形成双核侵染丝侵入子房，在珠被未硬化前进入胚珠，潜伏其中。种子成熟时，菌丝胞膜略加厚，在其中休眠，当年不表现症状。次年发病，并侵入第二年的种子潜伏，完成侵染循环。
在种植感病寄主和土壤有足够菌量时，播种后至幼苗4－5叶期土壤的温湿度成为病菌侵染多少的决定因素，因此春播、早播、土壤偏干和冷凉山区发病重。品种抗性有明显差异。黑穗病通过种子和土壤传病，主要是土壤传染，厚垣孢子在土内存活3年左右，在高粱种子露白尖到芽长1—1.5厘米时，侵染幼芽。散黑穗，坚黑穗病菌主要是以厚垣孢子在种子表面附着，带病种子播种后，病菌与种子同时发芽，侵入寄主组织。病菌侵入后，菌丝蔓延到幼苗生长锥，以后随着植株生长点向上生长而伸长，最后在穗部形成冬孢子。玉米的黑穗病主要靠种子传播。
