番茄斑枯病主要危害叶片，也能影响茎和花。发病时，通常从植株下部的叶片开始。初期在叶背面出现水渍状小圆斑，随后叶片正反两面形成圆形或近圆形的病斑，边缘深褐色，中部灰白色，稍凹陷，上面散生少量小黑点，直径2-3毫米，病斑形似鱼眼。
严重时，叶片布满斑点，导致叶片褪绿变黄，引起早期脱落。茎上的病斑呈椭圆形，褐色。果实发病时也会出现褐色圆形病斑。整个生育期均可能发病，但主要集中在叶片上，茎与果实受害较少。
该病的典型症状是病斑小，呈鱼眼状，且病斑上散生许多黑色小点。这一点与番茄斑点病和细菌性斑疹病的症状不同。番茄斑点病的典型病症是坏死斑呈灰黄色或黄褐色，有轮纹或边缘有黄色晕，潮湿时着生暗灰色霉层。而细菌性斑疹病的典型症状是病斑深褐色至黑褐色，有晕圈，且叶缘和未成熟果实染病明显，特别是在潮湿、冷凉、低温多雨或喷灌后易发病。
