水稻稻瘟病在水稻整个生育期中都有可能发生。由于为害的时期和部位不同，可分为苗瘟、叶瘟、节瘟、穗颈瘟和谷粒瘟。一般以叶瘟、节瘟和穗颈瘟危害较重，其中穗颈瘟危害最重、产量损失最大。
苗瘟主要发生在秧苗三叶期前，由种子带菌引起。三叶期前病苗基部灰黑色枯死，无明显病斑；三叶期后病苗叶片病斑呈纺锤形、菱形或不规则形小斑，灰绿色或褐色，湿度大时病斑上产生青灰色霉层，严重时秧苗成片枯死。
叶瘟在秧苗三叶期后至穗期均可发生，分蘖盛期发病较多。初期病斑为水渍状褐点，逐渐扩大，最终造成叶片枯死，严重时远望发病田块如同火烧过似的。
节瘟和叶枕瘟多在抽穗后发生，节变黑，易折断倒伏。在潮湿条件下，病节上产生灰绿色霉层。
穗颈瘟和枝梗瘟发生后，穗颈或枝梗变为褐色。发病早而重的穗子枯死呈白穗，发病晚的秕谷增多。
谷粒瘟在谷粒的护颖、颖壳上发生黑褐色小斑点。在湿度大时，节、穗颈、枝梗和谷粒上的病斑均可产生灰色霉层。
病菌主要以分生孢子和菌丝体在稻草和稻谷上越冬。翌年产生分生孢子借风雨传播到稻株上，萌发侵入寄主向邻近细胞扩展发病，形成中心病株。病部形成的分生孢子，借风雨传播，进行再侵染。病菌的分生孢子主要由气流传播，落到水稻上遇适宜的温、湿度条件时很快萌发，直接穿透表皮侵入稻株。
