苹果的主要虫害有叶螨、食心虫、卷叶蛾等，常见的病害有苹果褐斑病、苹果轮纹病和苹果炭疽病等。防治方法包括以下几点：合理修剪，注意排水，改善园内通风透光条件。秋、冬季清扫果园内落叶及树上残留的病枝、病叶，深埋或烧毁。每年的6-8月是防治的关键时期。预防常用药剂有：波尔多液、代森锰锌、戊唑醇等。注意在套袋前幼果期喷波尔多液易产生果锈。
苹果病虫害防治措施，应在选用种植抗病品种，高洼栽培，加强肥水管理，合理整枝，及时清园等农业防治为基础，可用物理防治和生物防治。当苹果炭疽病、锈病、黑星病、褐斑病、斑点落叶病、苹果轮纹病、蚜虫、潜叶蝇、大青叶蝉、蚧壳虫、红蜘蛛等病虫害重发生时，应根据果园病虫害实际情况，确定防治对象，选用高效低毒低残留的对口药剂，按照农药标签要求进行化学防治。
苹果树最常见的病害有：斑点落叶病、腐烂病、轮纹病、病毒性缩果病、花脸病、花叶病等病害。长势健壮的植株，可适当多留果，长势偏弱的植株，点花留果要轻、要少。若植株长势很弱，一定要少留果，甚至不留果，先促进植株生长，培育壮棵。
苹果树病害主要有：腐烂病、胴腐病、轮纹病、炭疽病、早期落叶病、白粉病、霉心病、褐腐病、根癌病、锈果病、日本菟丝子、槲寄生、白纹羽病、根朽病、紫纹羽病、疮皮病、火疫病、褪绿叶斑病等。苹果树害虫主要有：桃小食心虫苹果小食心虫、苹果小卷叶蛾、苹果褐卷叶蛾、顶梢卷叶蛾、叶螨类、蚜虫类、苹果小吉丁虫、金龟子类、象类、枣尺蠖、柿星尺蛾、褐刺蛾、黄蛾、扁刺蛾、苹果鞘蛾、梨星毛虫、黄褐天幕毛虫等。
病害发生初期，真菌、卵菌病害可选用氟啶胺、烯酰吗啉等药剂；发现细菌性病害，可喷洒噻唑锌，铜制剂等药剂。间隔5-7天再喷施一次，巩固防治效果。苹果病虫害防治技术，一定要做好修枝打叉，冬季涂抹石灰，田园清洁可用石硫合剂。病害用杀菌剂预防和治疗，虫害用杀虫剂防治。
