棉花苗期病虫害主要包括虫害和病害两大类。虫害主要有地老虎、金针虫、金龟子、蝼蛄等地下害虫,以及棉蚜、棉叶螨、烟蓟马等叶片害虫。以地老虎和苗蚜危害最为严重,表现为植株矮小,叶片变小、失绿变红、有斑点、有缺点,有的缺整片叶,地老虎能咬断棉茎,造成棉花缺苗断垄,叶螨危害后棉苗呈火烧状。病害方面,棉苗从子叶期到有1-2片真叶期最容易感染各类病害,主要有枯病、炭疽病、红腐病,危害根部;黑斑病、轮纹斑病、角斑病、疫病、褐斑病等危害叶部;茎枯病危害幼茎及生长点。这些病害在夏季多雨低温时最易发生,往往是混合并发,导致烂芽、烂根、叶枯茎腐,严重时引起缺苗、断垄,甚至成片死苗。