玉米小斑病的初侵染菌源主要是上年收获后遗落在田间或玉米秸秆堆中的病残株，其次是带病种子，从外地引种时，有可能引入致病力强的小种而造成损失。玉米生长季节内，遇到适宜温、湿度，越冬菌源产生分生孢子，传播到玉米植株上，在叶面有水膜条件下萌发侵入寄主，遇到适宜发病的温、湿度条件，经5～7天即可重新产生新的分生孢子进行再侵染，这样经过多次反复再侵染造成病害流行。在田间，最初在植株下部叶片发病，向周围植株传播扩散（水平扩展），病株率达一定数量后，向植株上部叶片扩展（垂直扩展）。自然条件下，还侵染高粱。
病菌以菌丝或分生孢子在病残体内越冬，在翌年温度比较适宜的5、6月份产生大量分生孢子，借气流或雨水传播。春玉米收获后遗留田间病残体上的分生孢子，可继续向夏玉米田传播，因此在春、夏玉米混种区，夏玉米总是比春玉米发病重。华北地区7～8月份气温达25℃以上适于该病流行，这期间若降雨日多、雨量多、湿度大，小斑病会严重发生。
发病适宜温度26～29℃，产生孢子最适温度23～25℃。孢子在24℃下，1小时即能萌发。遇充足水分或高温条件，病情迅速扩展。玉米孕穗、抽穗期降水多、湿度高，容易造成小斑病的流行。低洼地、过于密植荫蔽地、连作田发病较重。
