剖检可见真胃含有未消化的饲料，左心室的心内外膜下有出血点，肺腑出血和水肿，肾脏充血、肿胀，比较柔软，胸腺常发生出血，大小肠出血。病程较长病例胃内充满未消化的饲草，胃壁有黏膜脱落和溃疡，腹膜及肠浆膜下有出血斑点，肠管内充满大量气体和少量带血的液体，肠黏膜脱落和溃疡，心脏肿大，心包内有混浊积液，心内外膜有小点出血，肾脏表面充血，实质松软如泥，略加触压即烂，胆囊肿大1~3倍，胆汁较黏稠，小肠壁呈血红色，有的病例有溃疡。
羊肠毒血症的临床症状：羊肠毒血症潜伏期短，多呈急性经过，突然发病，几分钟后死亡。病程缓慢的病羊表现离群呆立或卧地，体温不高，口吐白沫，有时磨牙，角弓反张，眼结膜苍白，全身肌肉抽搐，腹泻，粪便呈暗黑色，混有黏液或血液。有的病羊有食毛癖，濒死前可见转圈或步态不稳，呼吸困难，倒地后呈四肢划水状，颈向后弯曲，继而昏迷或呻吟，最后衰竭死亡，死后腹部膨大，急性病例从发病到死亡仅1~3h，病情缓慢的延至3~10h或1~3d后死亡。
急性病例没有特征性病变，通常都是营养良好，死后尸体迅速腐烂。尸体臌胀，胃肠充满气体和液体，真胃内有未消化的饲料，肠道特别是小肠黏膜充血、出血，严重的整个肠壁呈红色或溃疡，肾变软如泥，犹如脑髓样，肝肿大、质脆，胆囊充盈肿大2-3倍，全身淋巴结肿大。肺脏出血、水肿，体腔积。死后迅速发生膨胀腐败；胃肠内充满气体和液体物，真胃和肠黏膜常呈急性充血、出血性炎症，故有“血肠子病”之称。腹膜、膈膜和腹肌有大的斑点状出血。最特征性的变化为肾脏表面充血，肿大，质脆软如泥。
