提高秧苗质量：秧田应选择肥力中等、避风向阳、排灌方便且地势较高的地方。精选种谷：种谷要纯、净、健壮、成熟度高。浸种前晒种1～2天，降低种子含水量。提高浸种催芽技术：浸种要浸透，催芽过程中要使水分、温度、氧气三者关系协调。掌握播种质量：根据品种特性，确定播种适期、播种量和秧龄。科学管水：芽期保持畦面湿润，不能过早上水，以保证扎根需氧和防止芽鞘徒长。合理施肥：秧田施足基肥，追肥少量多次，应提高磷钾肥的比例。
药剂防治：绿亨一号用于旱育秧、水育秧和塑料软盘育秧土壤的消毒，是防治烂秧的最佳药剂之一。消毒的具体方法：首先将秧田平整好，播种后，每平方米用绿亨一号1～1.5克或绿亨一号0.5克加绿了二号2～3克，与过筛的湿润细土10～20公斤充分掺匀，均匀撒于播种后的秧田或育秧盘上作盖土。应选择适应性强、优质抗病、纯度96%以上、发芽率90%以上、发芽势强、均匀饱满的种子。种子播前应晒种，精选种子，一般进行风选、筛选和比重选。
水稻烂秧的防治方法：农业防治主要是秧田防积水、盖膜防寒。播种前晒种种子用药水浸种消毒。秧田期在秧苗3叶期后喷施敌克松500-600倍液，隔5天再喷一次，连续喷2-3次。长期灌水秧田发生水稻烂秧后，立即排水落干，使种子幼芽与阳光空气充分接触，促使秧苗迅速扎根。发生“黑根”为主的秧田，可采用小水勤灌，冲淡毒物，促使幼苗恢复健康。
药剂治理：用药前排水落干，留下一层浅水(0.5-1厘米即可)。秧田发生绵腐病或青苔时，喷施硫酸铜或杀毒矾1000倍液，或每666.7平方米施15-25千克草木灰。防治立枯病，可用70%敌磺钠可溶性粉剂1000倍液，于下午5时后进行喷药，用药2天后上水。化学防治绵腐病的方法是用0.05%硫酸铜液喷洒灭菌，采取保温、灌浅水、清沟排水换淡水等措施。化学防治立枯病的方法是播前用敌克松500-1000倍液，按1.5千克/平方米处理土壤；发病后用65-70%敌克松原粉1000倍液，按1.5千克/平方米喷洒。
