茼蒿立枯病主要为害根部和根茎部，发病初期病部呈现浅褐色至褐色水渍状椭圆形病斑，随着病情发展，病茎逐渐收缩或干枯，病苗出现萎蔫状并最终枯死，但病株通常立而不倒。在湿度大的条件下，病部可能长出浅褐色稀疏的蛛丝状霉。发病因素包括气温过低、温差过大、土壤偏碱、光照不足、秧苗细弱及种量过大等。田间症状主要表现为秧苗枯萎、茎基部腐烂，并带有烂梨味，严重时整片死亡，病株基部常伴有赤色霉层。此外，芽腐和针腐也是该病的表现，芽腐发生在出苗前后，幼芽或幼根变褐扭曲腐烂，而针腐则见于幼苗立针期到2叶期，心叶枯黄，叶片不展开，基部褐变，叶鞘可能有褐斑，病根逐渐变为黄褐色。