病原以菌核或菌丝体在土壤中或附着在病株残体上越夏和越冬,成为初次侵染的主要菌源。借气流、水流和农事操作传播。未经腐熟的带有病残体和病土的有机肥也可传播病害。小麦纹枯病主要是通过土壤传播的,在小麦拔节时,发病初期要及时用药防治。