玉米丝黑穗病是典型的土传病害，菌瘿释放出的冬孢子在土壤中越冬，成为主要的初侵染源，也可通过牲畜消化后的带菌粪肥和带菌种子传播。病害发生的轻重与土壤中冬孢子的数量密切相关。该菌属系统侵染，从种子萌发到七叶期均可以侵染玉米幼根和幼芽，其中以胚芽侵染为主，分生区为有效侵染点，侵染高峰期是临近出苗至三叶期。病菌进入生长点后随着植株生长而生长，最后于成熟期侵染穗部成为黑粉。连作、耕作粗放、覆土过厚、土壤干燥均有利于侵染发病。东北地区春季低温，种子不易萌发，延长了与病菌接触时间，玉米丝黑穗病发病重。
玉米黑粉菌的病原菌为真菌(担孢子菌)，病瘤内的黑粉是病菌的冬孢子。冬孢子在土壤中、地表、病残体上、土杂粪肥中越冬。越冬的冬孢子成为第二年发病的初侵染病原，冬孢子在适宜的条件下，萌发产生担孢子和次生担孢子，随风雨、气流传播到玉米的叶片、节、腋节、雄雌穗等幼嫩分生组织，在组织内生长蔓延，并产生一种类似生长素的物质，刺激寄主局部组织的细胞旺盛分裂，逐渐肿大形成病瘤。病瘤成熟破裂，又散出黑粉(冬孢子)进行再次侵染。冬孢子没休眠期，在玉米生育期内可进行多次再侵染，在玉米抽穗开花期蔓延较快，形成发病高峰期，直到玉米老熟后停止侵染。
