化肥过量，尤其是偏施氮肥，降低植株的抗病性，有利根腐病菌侵染。土壤盐碱较重也易发病，连年栽培重茬容易加重病害发生。积水低洼处、根蛆为害较重处都会伤及根系，有利于根腐病菌侵染。病菌腐生性很强，可在土壤中长期存活，以卵孢子和菌丝形式随病残体在12-18厘米的表层土壤中越冬。春季条件适宜时，病菌萌发产生孢子囊，以游动孢子或直接长出芽管侵入寄主。此外，在土壤中营腐生生活的菌丝也可产生孢子囊，以游动孢子侵染幼苗引起猝倒。
洋葱根腐病属土传病害，病菌可在土壤内存活6-8年，甚至更长。病菌可从伤口侵入传染，可借雨水、灌溉水、带菌粪肥、种子传播。品种间抗性有差异，一般红葱、紫葱的抗病性较黄葱差，病害发生早而重。
发病规律：病菌腐生性很强，可在土壤中长期存活，以卵孢子和菌丝形式随病残体在12-18厘米的表层土壤中越冬。春季条件适宜时，病菌萌发产生孢子囊，以游动孢子或直接长出芽管侵入寄主。病苗上可产生孢子囊和游动孢子，借雨水、灌溉水、带菌粪肥、农具、种子传播。