苗床应选择在地势较高的地方以防积水，并加盖塑料薄膜和遮阳网以防雨降温。辣椒田需设置防虫网以防传病毒昆虫，选用非菜田土壤作为苗床土。无公害综合防治技术应坚持“以防为主，综合防治”，优先采用农业、物理、生物防治，配合科学合理的化学防治。
轮作和土壤消毒是重要措施，青椒连作会加重病害，可与非茄科蔬菜轮作2~3年。保护地栽培可在夏季高温时深翻土壤30厘米以上，覆盖地膜晒10~15天。苗床可用50%多菌灵拌土，每立方米床土用药50~80克，土壤消毒每667平方米可用50%多菌灵或75%甲托1千克，拌细土撒匀后翻地。也可用福尔马林200倍液喷湿地表面盖膜1周，放风2周后播种或定植。
选用抗、耐青椒病毒病的品种是关键。
