苗期（2~7片真叶）夜温过低：畸形果的出现与番茄花芽的最初形成期密切相关。番茄第1—3穗花芽分化一般在2—7片真叶时完成，低夜温会促使光合产物更多地积累到分化的生长点上，导致多心室畸形花的产生。长期夜温低于8℃会大量出现畸形花，表现为豆形、扁子房、粗花柱、多花瓣等。
钙、硼不足：在花芽发育、开花及幼果膨大阶段，钙、硼供应不足或偏施铵态氮肥和钾肥会导致生理缺钙，影响花器发育和果实细胞质量，加剧果实顶裂。
点花激素浓度过大：使用高浓度激素促进坐果会增强果实发育力量，导致果实尖顶、大花脐，严重时幼果开裂、漏籽，丧失商品价值。
