水稻基腐病的细菌可在病稻草、病稻桩和杂草上越冬。病菌从叶片上水孔、伤口及叶鞘和根系伤口侵入，以根部或茎基部伤口侵入为主。侵入后在根基的气孔中系统感染，在整个生育期重复侵染。病害的发生与气候、品种、栽培管理等因素有关。水稻细菌性基腐病主要通过水稻根部和茎基部的伤口侵入，发生洪灾或台风，或者遇高温高湿环境更容易发病。
发病条件包括品种、秧苗素质、肥水管理、气候条件。偏施或迟施氮素，稻苗嫩柔发病重。分蘖末期不脱水或烤田过度易发病。地势低，粘重土壤通气性差发病重。一般晚稻发病重于早稻。早稻在移栽后开始出现症状，抽穗期进入发病高峰。晚稻秧田即可发病，孕穗期进入发病高峰。轮作、直播或小苗移栽稻发病轻。
在5-9月这个时间段，水灾多发，所以基腐病很容易发生，且基腐病主要通过水稻稻株根部入侵，在湿热条件下更容易发病。此外，在施氮肥施得较多的地方、光照不足、低洼的地方更容易发生基腐病。且常规稻、粳稻发病比较重。
