以团棵至旺长前后发病普遍，盛发期在现蕾阶段。病菌在病株残体和土壤肥料中越冬，可在土壤、堆肥和病残体上存活2-3年，通过流水和人事活动进行传播。病菌多集中在0～5cm土层中活动，主要危害土表及以下5cm深的茎基部。高温高湿是发病的主要条件，最适温度为24-32℃。在适宜温度条件下，雨后相对湿度达80%以上保持3-5天，即可出现一个发病高峰。因此，凡雨季来得早、降雨量大、连作烟田、地势低洼、土壤粘重的地块有利于发病。
烟草的抗病性大面积种植单一感病品种是黑胫病流行的关键因素。环境条件主要指温度、湿度和降雨量。据调查，年年连作的烟田黑胫病发病率都在18%以上，而隔年水旱轮作的烟田黑胫病发病率在3%以内，3年轮作的烟田，基本无发病。地势较高的烟田黑胫病发生率较低，病情较轻；地势低的烟田黑胫病发病率高，病情重；同等品种在同等的管理条件下，用房前屋后菜园地育苗比新地育苗发病早且严重，田间管理粗放的黑胫病发生也较重。
土壤因素影响显著，沙质壤土不易积水，发病均较轻；粘质土壤容易积水，发病较重。寄主抗病性也有影响，不同品种的烟草对黑胫病的抗性有明显差异，同一品种的不同生育阶段对黑胫病的抗性也有较大差异，苗期和现蕾期以前较感病，现蕾以后较抗病。