菠菜的病害主要有霜霉病、猝倒病、根腐病和白叶斑病；虫害主要有蚜虫、潜叶蝇、夜蛾菜青虫类害虫。防治病虫害，可结合农业防治和药剂防治进行。农业防治，实行2～3年轮作，合理密植，科学灌水，清洁田园，及时清理病残体。药剂防治，注意科学用药，药剂要交替使用，一般每隔6～7天喷1次药剂。收获前15天禁止使用任何化学药剂。
叶子发黄、发黄是由多种因素造成的。黄萎病可应用恶霉灵、多抗霉素、克黄枯、乙蒜素等。在种植过程中，要适当使用药剂，才能有效地降低药害。由于缺乏钾引起的生理黄叶，必须在叶片上定期喷洒磷酸二氢钾叶面肥，并在不同的关键时期，及时追施高钾肥和生物菌剂。生长期间缺乏某些微量元素，也会引起叶片枯萎。在打药的时候，可以添加一些营养成分的药物，让生长更加的全面，比如添加芸苔素和微量元素肥料，可以提高抗病能力和生长发育。
菠菜病害，通过选种抗病高产优质品种，做好种子消毒处理，合理轮作倒茬、建立科学合理的耕作制度，加强田间管理、防止田间积水、控制田间湿度，根据病害发生种类和严重程度，有针对性地采取相应措施，选用对症的高效低毒低残留农药田间交替喷雾防治。收获后及时清除病残体,集中深埋或烧毁,以减少病源。在发病初期,喷洒30%绿得保悬浮剂400~500倍液,或1∶0.5∶16波尔多液、75%百菌清可湿性粉剂700倍液。
