西葫芦根腐病又称西葫芦萎蔫病或烂秧病，主要由烟草疫霉菌和尖孢镰刀菌引起，在日光温室内普遍发生。该病害多从西葫芦的始花期开始危害植株根部，导致根部皮层腐烂。它不仅危害幼瓜，还会影响叶及叶柄的生长。病菌通常从开败的花或受伤组织侵入，引发染病部位出现水渍状坏死腐烂。瓜条染病多从残留花器侵入，病瓜表面常生出茂密的大头针状灰黑色霉层，并散发腥臭味。
西葫芦根腐病在整个生育期均可发病，苗期尤为易感。病害主要侵染根茎部，进而引发地上部茎叶症状。发病初期，叶缘先变褐色萎蔫并渐枯焦，最终整株萎蔫枯死。根茎部初期呈现水浸状，逐渐缢缩，维管束变褐，但不向上蔓延，侧根无明显病状。后期病部变糟，仅留丝状褐色维管束。高湿条件下，病部会出现白色或粉色霉层。
