1、发病季节不同。禽流感和新城疫都能引起呼吸道和肠道症状，腺胃肿大，乳头出血，但禽流感病毒对热抵抗力差，故多发于温差较大的冬，春季节，而新城疫病毒热抵抗力较强，一年四季流行。
2、呼吸道症状的轻重程度不同。新城疫病的呼吸道症状较重，常发出呼噜声，似“马蹄音”，由近及远，而禽流感呼吸困难不明显，常伴有结膜炎，鼻窦炎，仅表现为咳嗽，流涕呼吸时发出“咯咯”声。
3、外观表现不同。体温升高（43-44°C）、闭眼、毛松乱、缩颈、垂翅，步态不稳或转圈；冠黑紫，口流粘液，摇头，打咯，发出“咯、咯”叫声，呼吸困难，拉绿色或黄色粪便；后期腿、翅麻痹，死亡率高。