生菜的主要病害包括霜霉病、软腐病和菌核病，这些病害在土壤湿度大、温度较高或多阴雨天气时容易发生。宽畦密植比窄畦疏植更容易发生病害，偏施氮肥也会使植株组织过嫩，增加发病风险。防治措施包括2～3年轮作，最好与禾本科或甘薯轮作，及时清园并摘除病叶。
生菜常见病害有软腐病、菌核病、霜霉病等。软腐病是细菌性病害，一旦发生要立即拔出，也可及时喷洒少量的杀菌药剂。菌核病会让叶片上出现黄褐色的斑点，一旦植株发生，基本无法食用。霜霉病发生后无法食用，少量病斑要及时拔出。
生菜腐烂病又称作生菜假单胞腐烂病或细菌性叶斑病，属细菌性病害。生菜枯萎病植株生长不良，与健株相比株高降低。生菜白粉病主要为害叶片，初在叶两面生白色粉状霉斑，扩展后形成浅灰白色粉状霉。
生菜常见虫害有蚜虫、地老虎、钻心虫、小菜蛾、菜粉蝶、菜蚜、甜菜夜蛾等。防治方法建议使用的药剂有：46%氢氧化铜、3%春雷霉素、3%中生菌素、40%噻唑锌、20%噻唑锌、30%噻菌铜、50%氯溴异氰尿酸(不可和有机磷混用)、3%的噻霉酮等。
生菜在南北方都能种植，由于生菜生长周期短，种植效益高，受到很多种植户的青睐。近年来，随着其种植面积的增加，在生产过程中，病虫害发生愈加严重。生菜主要有根腐病、霜霉病、菌核病、褐斑病、白粉病、黑腐病、软腐病、病毒病、地老虎、蛴螬、小菜蛾、菜青虫、蚜虫、斑潜蝇、红蜘蛛、蓟马、甘蓝夜蛾等常见病虫害。
