肥份不均、磷肥过多、营养不协调或病害均易引起洋葱畸形。气温过低，肥水不均，栽培过深都有可能畸形。土壤松软度不同，肥水不均匀，管护不当等许多原因也会造成畸形。
1.播期不当。洋葱属绿体春化型植物，播种过早造成苗龄过长、幼苗过大，超过绿体春化所必需的临界大小，容易出现春化或不完全春化现象，造成鳞茎生长异常。
2.营养失调。灌水偏多，氮肥过量，就会出现幼苗过大，延迟或抑制鳞茎的形成，在低温季节还会出现抽薹开花；氮肥不足，土壤干旱，造成幼苗生长过弱，植物体内碳水化合物和氮的比值增加，提早进入生殖生长，出现抽薹开花。
3.地蛆危害。地蛆危害严重，致使洋葱生长过弱，鳞茎生长延迟。
4.栽植深度。栽植过程中往往出现栽植过深或过浅而出现鳞茎生长发育不良。栽植过深出现叶部生长过旺，鳞茎部增粗，鳞茎过小且易畸形；栽植过浅，植株易倒伏，鳞茎外露，日晒后变绿干裂。
5.土壤酸碱度。洋葱要求土壤的酸碱度在6-7之间，如果酸碱度过高或过低，就会影响洋葱的营养吸收，从而导致洋葱形状不正常。另外，土壤磷、钾、钙等元素缺乏也会让洋葱形状畸形。
6.植株距离。洋葱栽种时植株株距过近，容易造成洋葱生长不良，成为畸形。因此，在栽种洋葱时，要保持适当的植株距离，保证每株洋葱有充足的营养和生长空间。
7.水分管理。洋葱喜欢湿润的土壤，但是过多的水分也会导致根部烂掉，进而影响洋葱的形状。所以，在种植洋葱时，要合理控制水分的供应，保持土壤湿润但不积水。