初发病的病粒大小、形状与健粒基本相同,色泽稍带黄色,有充实感,不透光,剥开颖壳可见白色絮状物。病菌孢子多在破口期进入颖壳内生长,初时受侵害谷粒颖壳稍张开,露出黄绿色的小型块状突起,后逐渐膨大,将颖壳包裹起来,形成比正常谷粒大3~4倍的菌块。菌块近球形,颜色逐渐变为黄绿或墨绿色,墨绿色菌块表面光滑,最后龟裂散出墨绿色粉末(孢子)。稻曲病主要在水稻抽穗扬花期感病,为害穗上部分谷粒,少则每穗1~2粒,多则可有10多粒。受害病粒菌丝在谷粒内形成块状,逐渐膨大,先从内、外颖壳缝隙处露出淡黄绿色孢子座,后包裹整个颖壳,形成比正常谷粒大3~4倍的菌块,颜色逐渐变为墨绿色,最后孢子座表面龟裂,散出墨绿色粉状物,有毒。孢子座表面可产生黑色、扁平、硬质的菌核。