玉米柄锈菌以冬孢子随病株残余组织遗留在田间越冬。入春后，当环境条件适宜时，冬孢子萌发并产生担孢子，借气流传播到寄主作物，由叶面气孔直接侵入，引起初次侵染。田间少量植株发病后，在病部产生锈孢子，形成夏孢子堆并散发出夏孢子，夏孢子借气流传播进行再侵染，在植株间扩散蔓延，加重危害；直到秋季，产生冬孢子堆和冬孢子。夏孢子在侵入时需高湿，叶面结露，适宜于夏孢子形成和侵入。
中国上海及长江中下游地区玉米锈病的主要发病盛期在5-10月，年度间夏秋高温、多湿及多连阴雨的年份发病重。田块间连作地排水不良的田块发病较重。栽培上种植早熟品种、密度过高、通风透光差、偏施氮肥的田块发病重。
玉米锈病的发生分为内因和外因。内因是品种问题，一些品种的抗病性较弱，容易感染病害，针对这样的品种应放弃选择。外因包括高温多湿的天气，如玉米在生长中后期连阴雨天气较多，发生玉米锈病的几率较大。一般在8月份天气转凉后，平均温度为26℃～28℃且湿度高时，发病迅速。台风过境带来的锈病孢子加之气候条件适宜锈病发生。生产上早熟品种易发病，高温多湿或连阴雨、偏施氮肥发病重。烟台14号、农大60号、黄早四、5003等品种不抗病。
温度和湿度条件是影响发病的重要气候因素，玉米普通锈病以温暖高湿天气适于发病，在气温16～23℃，相对湿度高时发病重，夏孢子在13～16℃时萌发。
