常见病害主要有猝倒病、茎基腐病、枯萎病、黄萎病、青枯病、细菌性髓部坏死、细菌性溃疡、细菌性疮痂病、灰叶斑病、叶霉病、早疫病、晚疫病、菌核病、灰霉病、绵疫病、牛眼果腐病、炭疽病、疫霉根腐病、茄镰孢根腐病、腐霉根腐病、病毒病等。
番茄早疫病主要侵染植株茎、叶、花和果实。在高温多湿条件下容易发病且整个生育期均可染病。主要以病残体越冬，发病时从下部叶片开始逐渐向上蔓延，严重时下部叶片全部枯死。叶片染病初期出现小黑点，然后以黑点为中心不断扩展形成轮纹斑。果实染病开始于花萼附近形成凹陷斑，后期果实开裂密生黑色霉层并提早变红。
防治方法包括：(1)农业防治：严格进行调种检疫可有效防止疫区扩大。选用抗病品种与非茄科作物实行3年轮作倒茬，避免以马铃薯、辣椒、茄子等茄科作物为前茬。在管理上要加强通风透光、严格掌握温度、控制湿度。合理施肥灌水、不可偏施氮肥。番茄结果期及时清理病株、病果，摘除下部病叶并深埋或烧毁以防病菌传播蔓延。(2)种子消毒：把种子放入55~60℃热水中，维持水温均衡浸泡20~30分钟。
