防治甜瓜蔓枯病需结合喷洒、灌根、涂茎等方法。发病初期可选用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液、25%培福朗水剂800倍液、40%多硫悬浮剂500倍液、70%代森锰锌可湿性粉剂400倍液、20%利克菌可湿性粉剂1000倍液、40%拌种双粉剂悬浮液500倍液或24.9%待克利乳油3000倍液等喷雾防治,间隔7-10天一次,连续2-3次,重点喷洒植株中下部。亦可选用以上药剂灌根,每穴灌药250-300毫升。病害严重时,可将上述药剂加倍调成糊状涂抹发病茎。此外,每亩日光温室可用45%百菌清烟剂80-100克熏烟,7-10天一次,连续2-3次。